使用ft-icr-ms/ms的对于牙龈炎和牙周炎的生物标志物的唾液蛋白质组分析的制作方法
[0034] 图10是第二轮重新聚类分析图，其显示了对于GCF样品数据的蛋白质丰度（由W 2为底的对数标度转换）对六（6)个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）的变化。来自图 9的群集1A重新聚类成5个群组，最大的包含150种蛋白质。在该里似乎没有基于缺乏丰 度变化的任何有意义的群集。
[00巧]图11是第二轮重新聚类分析图，其显示了对于GCF样品数据的蛋白质丰度（由W 2为底的对数标度转换）对六（6)个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）的变化。来自 图9的群集1C被重新聚类成H个群集。含7种蛋白质的群集1C2显示在治疗后减轻之前 直到重度牙周炎的蛋白质丰度的近线性提高。
[0036] 图12是最后一轮的重新聚类分析图，其显示了对于GCF样品数据的蛋白质丰度 (由W 2为底的对数标度转换）对六（6)个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）的变化。 来自图10的群集1A1。观察到五个群集，一组蛋白质显示出对于严重的牙周炎（群集1A化） 的丰度提高，但其他组没有。在该群集中具有五种鉴别的蛋白质。
[0037] 图13是维恩图，其显示了 GCF和唾液样品数据集之间的重叠。
[003引图14是聚类图，其显示了在合并的GCF和唾液样品数据中蛋白质S100-P的 Log (2)转换的丰度水平VS六（6)个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）。
[0039] 图15是聚类图，其显示了在合并的GCF和唾液样品数据中蛋白质S100-A8的 Log(2)转换的丰度水平vs六做个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）。
[0040] 图16是聚类图，其显示了在合并的GCF和唾液样品数据中肌球蛋白-9的Log(2) 转换的丰度水平vs六做个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）。
[0041] 图17是聚类图，其显示了在合并的GCF和唾液样品数据中转酵醇酶的Log(2)转 换的丰度水平VS六做个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）。
[0042] 图18是聚类图，其显示了在合并的GCF和唾液样品数据中血红蛋白目的Log(2) 转换的丰度水平vs六做个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）。
[0043] 连施方式的详细描沐
[0044] 下面将参照附图更详细地描述本申请的方法和试剂盒的几个实施方式W便于本 领域中的技术人员能够实施所公开的方法和试剂盒。但是，所述方法和试剂盒可W W许多 不同的形式实施，并且不应被解释为限于本文所阐述的实施方式。相反，提供该些实施方式 是使得本公开能够全面和完整，并且向本领域的技术人员充分地传达所公开的方法和试剂 盒的范畴。所述实施方式不限制所公开的方法或试剂盒的范围。该实施方式仅由所附的专 利权利要求所限制。此外，在附图中示出的特定实施方式的详细描述中所使用的术语并不 意在限制所公开的方法或试剂盒。
[0045] 本申请详述了用于诊断口腔疾病（如牙周炎）的状态的方法。该方法可W包括确 定一组生物标志物的表达水平。该蛋白质生物标志物组可W包括一种或多种蛋白质生物标 志物，其已经被证明在口腔疾病的特定阶段丰度不同。因此，为了区分口腔疾病的不同状 态，可W识别蛋白质生物标志物组并且定量其表达。
[0046] 本申请的方法证明了生物标志物用作不同严重程度的牙周炎（如牙銀炎、轻度牙 周炎）的指标的作用。本文所述的工作表明，多种生物标志物的升高水平可被用作精确和 快速地确定口腔疾病（例如，牙周炎）的状态的工具。
[0047] 如本文所用的术语"牙周健康状态"是一个基于阔值的标准和不仅仅是模糊的健 康状态。具有牙周健康状态的患者表现出<10%的位点具有1. 0的GI或B. 0. P.，没有位点 具有2. 0或3. 0的G. I。此外，他们没有具有牙间隙连接丧失（inte巧roximal attachment loss)的位点，和没有具有ppd〉3mm的位点。
[0048] 如本文所用的术语"牙銀炎状态"是基于表现出广义牙銀炎的患者的阔值标准，而 不仅仅是模糊状态。广义牙銀炎在表现出〉30%的位点具有G. I. >2. 0,没有具有牙间隙连 接丧失的位点，和没有具有PpdMmm的位点的患者中显示。
[0049] 本文所使用的术语"轻度牙周炎状态"是一种基于表现出轻中度牙周炎的患者的 阔值标准，而不仅仅是一种模糊的状态。轻中度牙周炎在表现出5-7mm的ppd和在〉8的牙 齿处2-4mm的牙间隙CAL的患者中显示。
[0050] 本文所使用的术语"重度牙周炎状态"是一种基于表现出重度牙周炎的患者的阔 值标准，而不仅仅是一种模糊的状态。重度牙周炎在表现出Ppd^mm和在〉12牙齿处的牙 间隙CAL〉5mm的患者中显示。
[0051] 如本文所使用的术语"生物标志物"是指作为正常的生物学过程、致病过程或对治 疗性干预的药理学反应的指示被客观测量和评价的物质。
[0052] 本文提供了通过测量指示选择的口腔疾病的状态的预后蛋白质生物标志来诊断 口腔疾病状态的一种方法。在示例性的实施方式中，口腔疾病是牙周炎，且该蛋白质生物标 志物指示牙銀炎、轻度牙周炎或重度牙周炎。
[0053] 通过从具有变化的口腔疾病状态的患者获取的銀沟液佑C巧和唾液样品的蛋白 质组学分析，可W鉴别在牙周炎的不同阶段中丰度增加或降低的蛋白质生物标志物。可W 单独或组合地使用至少一种蛋白质生物标志物区分健康的患者、患有牙銀炎的那些患者W 及那些患有轻度或重度牙周炎的患者。
[0054] 可W通过液相色谱和质谱技术的组合来进行蛋白质组学分析。特别地，可W通过 傅立叶变换-串联质谱法（FT MS/M巧分析GCF和口腔唾液样品的蛋白质组。可W向从牙 周健康的志愿者、患有牙銀炎的那些、具有轻度和重度牙周炎的那些W及没有牙齿者（无 齿对照）的那些收集的GCF和唾液样品应用FT MS/MS蛋白质组学方法，W尝试和阐明将区 分健康和疾病口腔状态的生物标志物的组合。特别是，通过使用銀沟液佑C巧和刺激的唾 液的非推定蛋白质组学分析，可W采用FT MS/MS方法来发现能够区分牙周健康与疾病、牙 銀炎与牙周炎W及轻度牙周炎与重度牙周炎的新的蛋白质生物标志物。
[00巧]本发明人已梅异地发现，可W测定一小组特定的蛋白质生物标志物的表达W鉴定 牙銀炎或轻度牙周炎。该些蛋白质生物标志物在牙銀炎/牙周炎的轻度疾病状态中显示出 增强的丰度变化（增加或减少），并在牙周炎的重度状态中显示出很小的变化。另外，可W 测定一小组特定的蛋白质生物标志物的表达W鉴定重度牙周炎。该些蛋白质生物标志物在 牙周炎重度状态中显示出增强的丰度变化（增加或减少），和在牙銀炎和牙周炎的轻度状 态中显示出很小的变化。该蛋白质生物标志物组用于鉴别和相对于轻度牙周炎或牙銀炎区 分重度牙銀炎。
[0056] 参考图1，用于诊断口腔疾病的状态的方法（S100)开始于S101。根据示例性的实 施方式，口腔疾病是牙周炎和牙周炎的状态可W包括牙周健康、牙銀炎、轻度牙周炎和重度 牙周炎。
[0057] 在S102中，提供至少一个口液样品。根据一个实施方式，该口腔疾病是牙周炎，并 提供至少一个GCF和唾液样品。样品可W无创地从患者收集。
[005引在S104中，通过分析至少一个GCF和唾液样品的蛋白质组产生蛋白质谱。在另一 个实施方式中，用LC FT MS/MS发现蛋白质谱。
[0059] 在S106中，聚类蛋白质谱W确定最适合用在一组蛋白质生物标志物中的那些蛋 白质。可使用统计方法的组合来执行聚类，包括主成分分析、伽玛统计和计量多维标度 (MMD巧。在一个实施方式中，组平均链接层次聚类被用来确定该蛋白质生物标志物组。在 另一个实施方式中，完整的链接分级聚类方法被用来确定该蛋白质生物标志物组。
[0060] 在S108中，选择一组蛋白质生物标志物用于区分口腔疾病的不同状态。在一个实 施方式中，口腔疾病是牙周炎和该蛋白质生物标志物组被选择用于区分牙銀炎和牙周炎。 在另一个实施方式中，所述口腔疾病是牙周炎和该蛋白质生物标志物组被选择用于区分轻 度牙周炎和重度牙周炎。
[0061] 在S110中，确定选定的蛋白质生物标志物组中蛋白质的表达水平W诊断口腔疾 病的状态。
[0062] 根据所述方法的一个方面，用于诊断口腔疾病状态的方法包含提供至少一上口液 样品，通过分析所述至少一个口液样品的蛋白质组产生蛋白质谱，聚类蛋白质谱W确定一 组蛋白质生物标志物，选择一组蛋白质生物标志物用于区分口腔疾病的特定状态，W及测 定在选择的蛋白质生物标志物组中的表达水平来诊断口
文档序号 :
【 8303328 】
技术研发人员：I·查普尔,A·克里斯,M·格兰特
技术所有人：皇家飞利浦有限公司
备 注：该技术已申请专利，仅供学习研究，如用于商业用途，请联系技术所有人。
声 明 ：此信息收集于网络，如果你是此专利的发明人不想本网站收录此信息请联系我们，我们会在第一时间删除
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