使用ft-icr-ms/ms的对于牙龈炎和牙周炎的生物标志物的唾液蛋白质组分析的制作方法
【专利说明】使用FT-ICR-MS/MS的对于牙跟炎和牙周炎的生物标志物 的唾液蛋白质组分析
[0001] 本申请涉及蛋白质组学和生物信息学的领域。更具体地，本申请涉及通过蛋白质 生物标志物的量化诊断不同严重性水平的口腔疾病（例如牙周炎）的状态。
[0002] 牙銀炎是涉及牙銀软组织炎症的牙周疾病的非破坏性形式。牙銀炎通常作为对已 经附着在牙齿上的细菌生物膜或斑块的身体反应发生。在没有适当治疗时，牙銀炎可能发 展为牙周炎，其代表牙周病的破坏性形式。牙周炎可能从轻微的疾病开始，其后来发展到重 度牙周炎。牙周炎之前总是牙銀炎的发作。
[0003] 牙周病是成人牙齿脱落的主要原因。因此，已经开发了诊断测试来确定个体是 否已经发生了牙周炎的概率。基于口液的重点照护（P0C)诊断法通常被用于在医学中 的各种诊断测试，并且最近正适用于口腔疾病的判断订油ak,2007,Ann N Y Acad Sci 1098:7-14)。口液用于POC诊断已被证明有效地检测口腔癌（Li等，2004, Cl in Cancer ReslO:8442-8450 ；Zimmerman 等，2008, Oral Oncol. 44 巧）：425-9)或 HIV 感染值elaney 等，2006, Aids 20:1655-1660)。
[0004] 目前通过评估临床参数如牙周袋深度、探诊出血和放射照相诊断牙周疾病。该些 参数具有局限，因为它们缺乏预测未来附着丧失的能力，并只提供关于过去的疾病活性存 在的信息。此外，没有任何临床参数被证明对于牙周病活性是预测性的（"Clinical risk indicators for periodontal attachment loss, "Journal of Clinical Periodontology 1991 :v. 18:117-125")。现在在临床实践中的诊断方法缺乏检测炎症（例如，非破坏性牙銀 炎）发病和确定在未来发展为破坏性的牙周炎形式的可能性的能力。
[0005] 因此，本领域中存在对于一种不仅可W识别过去口腔疾病活动的存在，也可W诊 断和评估口腔疾病的早期阶段的高效、准确和灵敏的口液诊断方法的需要。在牙周炎的情 况下，口液诊断方法应该能够至少区分健康患者与已经发生牙銀炎（牙周炎的轻度形式） 和/或牙周炎的重度形式的那些。该一诊断方法可有利地包括定量存在于口液中的特定蛋 白质生物标志物。可W无创地从患者获得该些口液，例如銀沟液佑C巧和/或唾液。
[0006] 发明简巧
[0007] 本文在示例性的实施方式中说明了用于诊断牙周炎疾病的状态的方法。该方法包 括至少提供銀沟液（GC巧样品和唾液样品中的一种，选择一组蛋白质生物标志物用于确定 牙周炎的特定状态；和测定选择的蛋白质生物标志物组的表达水平来诊断牙周炎疾病的状 态。
[0008] 在该方法的一个方面，该蛋白质生物标志物组被选择用于区分牙銀炎状态和牙周 炎状态。
[0009] 在该方法的另一个方面，该蛋白质生物标志物组被选择用于区分牙周健康和疾病 状态。
[0010] 而在该方法的另一个方面，该蛋白质生物标志物组被选择用于区分轻度牙周炎状 态和重度牙周炎状态。
[0011] 在该方法的一些方面中，该蛋白质生物标志物组包括选自于血红蛋白a和目链、 碳酸酢酶1(国际蛋白质索引或"IPI"#IPI〇〇980674)和丝束蛋白1的至少一种蛋白质。
[0012] 在该方法的另一个方面，该蛋白质生物标志物组包括选自于S100-P、转酵醇酶、 S100-A8(巧粒蛋白-A)、肌球蛋白-9、血红蛋白a和血红蛋白目的至少一种蛋白质。
[0013] 而在该方法的另一个方面，该蛋白质生物标志物组包括选自于a-1酸性糖 蛋白1和2、基质金属蛋白酶-9、肤醜脯氨醜顺-反异构酶A和结合珠蛋白相关蛋白 (IPI00431645. 1)的至少一种蛋白质。
[0014] 在该方法的一些方面，该蛋白质生物标志物组包括选自于NADPH氧化酶和a-N己 醜氨基半乳糖巧酶的至少一种蛋白质。
[0015] 在该方法的一个方面，该蛋白质生物标志物组包括a -N-己醜氨基半乳糖巧酶。
[0016] 在该方法的另一个方面，该蛋白质生物标志物组包括选自于蛋白质 S100-A11 (IPI00013895. 1)、蛋白质 IPI00037070. 3、过氧化氨酶（IPI00465436. 4)、胆碱转 运蛋白样蛋白2衍生物（IPI00903245. 1)和肌联蛋白异形体N2-B(IPI00985334. 2)的至少 一种蛋白质。
[0017] 而在该方法的另一个方面，该蛋白质生物标志物组包括两种或更多种生物标志 物。
[0018] 在该方法的一些方面，该方法进一步包括提供GCF样品和唾液样品，通过分析GCF 样品和唾液样品的蛋白质组产生第一和第二蛋白质谱，和确定第一和第二蛋白质谱之间的 重叠区域。选择蛋白质生物标志物组是用于区分牙周炎特定状态，包括在牙周炎的不同阶 段计算重叠区域内蛋白质丰度的变化，和选择在牙周炎的单一状态中低表达的或者过表达 的那些蛋白质。
[0019] 在该方法的另一个方面，该方法还包括通过分析至少一种口液样品的蛋白质组产 生蛋白质谱，和聚类蛋白质谱来确定一组蛋白质生物标志物。
[0020] 本文在示例性的实施方式中说明了一种用于诊断牙周炎疾病的状态的试剂盒。该 试剂盒包括一组被选择用于区分牙銀炎和牙周炎的蛋白质生物标志物。
[0021] 在试剂盒的一个方面，该蛋白质生物标志物组包括选自于血红蛋白a和目链、碳 酸酢酶1(国际蛋白质索引或"IPI"#IPI〇〇980674)和丝束蛋白-1的至少一种蛋白质。
[0022] 在试剂盒的另一个方面，所述试剂盒诊断牙銀炎或轻度牙周炎，和该蛋白质生物 标志物组进一步包括来自唾液数据群1BUDUA4和1A5的至少一种蛋白质生物标志物。
[0023] 附图简要说明
[0024] 公开的方法和试剂盒能够具有的该些和其他方面、特征和优点将从该方法和试剂 盒的实施方式的参考附图的W下描述显而易见和从其中阐明，其中：
[0025] 图1是根据一个实施方式用于诊断口腔疾病的状态的方法的流程图示；
[002引图2是患者唾液样品的UV吸光度（mAU)v.时间（min)的曲线图。UV迹线作为在 214皿处记录UV吸光度的SCX系统的输出获得。
[0027] 图3是患者GCF样品的UV吸光度（mAU) V.时间（min)的曲线图。UV迹线作为在 214皿处记录UV吸光度的SCX系统的输出获得。
[0028] 图4是组平均聚类分析图，其显示了对于GCF样品数据的蛋白质丰度（由W2为 底的对数标度转换）对六（6)个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）的变化。该组平均 聚类确定了六（6)个不同蛋白质生物标志物的群集。群集1含有大部分蛋白质（243种蛋 白质），群集2包含19种蛋白质，群集3、5和6各自含有仅一种蛋白质，和群集4含有5种 蛋白质。
[0029] 图5是第一轮重聚类分析图，其显示了对于GCF样品数据的蛋白质丰度（由W 2 为底的对数标度转换）对六做个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）的变化。来自图 4的群集1重新聚类为4个群组，其中组A包含大部分蛋白质（233种），组B和C各包含两 种蛋白质，和组D包含6种蛋白质。
[0030] 图6是第二轮聚类分析图，其显示了对于GCF样品数据的蛋白质丰度（由W 2为 底的对数标度转换）对六做个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）的变化。来自图5 的群集A重新聚类为4个群组，其中最大的群集（1A1)仍含有171种蛋白质，群集1A2包含 50种蛋白质，1A3包含10种蛋白质，和1A4含有两种蛋白质。
[0031] 图7是最后一轮的聚类分析图，其显示了对于GCF样品数据的蛋白质丰度（由W 2为底的对数标度转换）对六（6)个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）的变化。来自 图6的群集1A1重新聚类成四个组。从该一分析中没有表现为有意义的群集，因为蛋白质 丰度再此的变化低于1. 0的幅度。
[0032] 图8是组平均聚类分析图，其显示了对于唾液样品数据的蛋白质丰度（由W 2为 底的对数标度转换）对六（6)个蛋白质组MS分析组（在表3中定义）的变化。该组平均 聚类确定了五（5)个不同的蛋白质生物标志物群集。最大群集（1)含有297种蛋白质，群 集2和5各自包含一种蛋白质。群集3含有11种蛋白质和群集4包含H种蛋白质。群集 2表现为区分重度牙周炎与轻度的状态。
[0033] 图9是第一轮重新聚类分析图，其显示了对于GCF样品数据的蛋白质丰度（
文档序号 :
【 8303328 】
技术研发人员：I·查普尔,A·克里斯,M·格兰特
技术所有人：皇家飞利浦有限公司
备 注：该技术已申请专利，仅供学习研究，如用于商业用途，请联系技术所有人。
声 明 ：此信息收集于网络，如果你是此专利的发明人不想本网站收录此信息请联系我们，我们会在第一时间删除
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